Im Jänner 1995 wurde Johannes Voggenhuber der erste grüne Abgeordnete Österreichs zum Europäischen Parlament. Beim Bundeskongress der Grünen, der von 29. April bis 1. Mai 1994 auf Schloss Goldegg stattgefunden hatte, hatten sich 87,3% der Delegierten gegen den Beitritt zur Europäischen Union „in ihrer derzeitigen Verfassung“ und für ein Nein bei der Volksabstimmung am 12. Juni 1994 ausgesprochen. Als bei der Abstimmung 66,58% der WählerInnen für den Beitritt stimmten, gab Voggenhuber – damals Nationalratsabgeordneter – bekannt, dass er die von zwei Dritteln der ÖsterreicherInnen getroffene Entscheidung respektieren und im Parlament für die Ratifizierung des Beitrittsvertrags stimmen werde. Der Bundesvorstand der Grünen Alternative schloss sich dieser Haltung einstimmig an.
Da die nächste Wahl zum Europaparlament erst am 13. Oktober 1996 stattfand, wurden mit dem Beitritt Österreichs zu Jahresbeginn 1995 einundzwanzig Abgeordnete vom Nationalrat entsandt. Für die Grünen ging Johannes Voggenhuber nach Brüssel. Dieses Amt hatte er bis 14. Juli 2009 inne.